* Saatli Camii : İlçe merkezinde İsmet Paşa Mahallesinde yerli Rumlar tarafından kilise olarak yapılmış, 1928’den sonra camiye dönüştürülmüştür.
* Çınarlı Camii : Zekibey mahallesinde eskiden kalma kilise olarak yapılmıştır.Cumhuriyet döneminde camiye dönüştürülmüştür.
* Hamidiye Camii : Sultan Abdülhamid tarafından Ayvalıkta yaşayan müslümanlar için yaptırılmıştır.
* Armutçuk Camii : Kendi adıyla anılan mahallededir. 1990 yıllarında hizmete girmiştir.
* Şehitler Camii : Körfez bölgesinin en büyük camiisidir. Ali Çetinkaya mahallesindedir. 2001 yılında ibadete açılmıştır.
* Taksiyarhis Kilisesi : 1873 yılında inşa edilen kilise; akmayan, işlemeli sarımsak taşlarıyla dikkati çeken Aşağı Çeşme sırasındadır. Bulunduğu yer, Hıristiyanlar ile Müslümanların birlikte yaşadığı kentin ilk mahallesidir. Çevresindeki sokak dokusu ve neo-klasik özellik taşıyan sivil mimari dokusu tipik evleriyle bir bütünlük içindedir. Kilise, mimari özellikleri, içteki mermer işçiliği dini konuları içeren tavan süslemeleri, İsa’nın doğumundan ölümüne kadar anlatan resimleri , balık derisi üzerine yapılmış azize portreleri ile kentin halen bozulmamış en dikkate değer eseridir.
* Aya Nikola Kilisesi : Alibey Adası’ndadır. Tevrat ve İncil’den alınan dini konuların işlendiği fresklerle süslenmiştir.
* Ayışığı Manastırı : Ayışığı Manastırı diye türkçeleştirilen Patriça’daki (Alibey Adasının kuzeye doğru uzantısı) Manastıra Birinci ve İkinci Köyü geçtikten sonra ulaşılır. Büyük ölçüde kendine özgü yapısı ve özelliklerini koruyabilmiştir.
* Leka Manastırı : Dalyan Boğazının körfeze girerken sol yakadaki zeytin ağaçlarının arasından görünen boğaza hakim manastır. Geleneksel manastır yapısının korunmuş olması, yapımında keşişlerin çalışmış olmasındandır.